Pierwszym elementem mającym wpływ na klimat modlitwy był zabytkowy i piękny krucyfiks z Lubeki. Był znany w Lubece jako łaskami słynący. Został ukryty gdy Lubeka przeszła na protestantyzm. Pobożny kupiec, Richard von der Hart, przesłał ten krucyfiks w darze swemu przyjacielowi, sekretarzowi królewskiemu do Gdańska, który w 1645 roku podarował krucyfiks jezuitom warszawskim. Do czasu II wojny światowej krucyfiks był w bocznej kaplicy kościoła Matki Bożej Łaskawej na warszawskiej Starówce. Ukryty i ocalony w czasie powstania, po wojnie przeczekał w kaplicy św. Andrzeja Boboli na Rakowieckiej a po odbudowie kościoła wrócił do Sanktuarium Matki Bożej Łaskawej. 

    Gdy parafia św. Szczepana doczekała się kościoła i trzeba było zdecydować co będzie głównym akcentem w prezbiterium powstała wśród zaangażowanych parafian śmiała myśl, aby krzyż, który znajduje sie jezuickim Sanktuarium Matki Bożej Łaskawej umieścić na centralnym miejscu w nowym, również jezuickim kościele, św. Szczepana. Myśl ta, wbrew obawom, spotkała się pierwotnie z akceptacją gospodarzy obydwu kościołów, później było trochę wahań, w końcu jednak w dniu 24 listopada 2000 roku krzyż został uroczyście zawieszony, odsłonięty i powitany w naszym kościele. Jest bardzo wymowny - kieruje oczy i serca ku Chrystusowi, który "wydał się za nas". Trudno przecenić rolę tego krzyża - daru Matki Bożej Łaskawej, w kształtowaniu życia duchowego naszych parafian.